История Отдела ведет свое начало от Группы по изучению теории литературы, организованной в 1939 г. и просуществовавшей по июнь 1941 г. В 1952 г. создан Сектор теории литературы и эстетики, преобразованный в 1962 г. в Отдел комплексных теоретических проблем; с 1988 г. – Отдел теории литературы, с 1997 г. – Отдел теории и методологии литературоведения и искусствознания, с 2006 г. – Отдел комплексных теоретических проблем, с 2009 г. – Отдел теории литературы.  До 2003 г. в Отделе существовали два подразделения, каждое со своим названием: сектор теории литературы и  сектор изучения художественных взаимодействий

Сектором в 1952–1954 гг. заведовал Н.М. Онуфриев, в 1956–1964 гг. – Я.Е. Эльсберг; Отделом руководили А.С. Мясников (1964–1979), Н.К. Гей (и.о., 1979–1988), А.В. Михайлов (1988–1995), Е.Н. Лебедев (и.о., 1995–1997), Ю.Б. Борев (и.о., 1997–2005), С.А. Небольсин (и.о., 2005–2006), Л.И. Сазонова (и.о., 2006–2009), Т.А. Касаткина (2009–2018), Д.С. Московская (и.о, 2019 – н.вр.).

Сотрудниками Отдела в разные годы были такие известные исследователи, как: Г.Л. Абрамович, В.Ф. Асмус, Г.А. Белая, С.Г. Бочаров, Б.П. Гончаров, В.В. Кожинов, П.В. Палиевский, И.Ю. Подгаецкая,  К.А. Степанян, Д.М. Урнов, М.Б. Храпченко.

В настоящее время сотрудниками Отдела являются А.Н. Беларев, Н.К. Гей, А.Л. Гумерова, Е.В. Иванова, Н.Р. Лидова, Е.Ю. Моисеева, М.Ф. Надъярных, С.А. Небольсин, О.А. Овчаренко, И.Л. Попова, Л.И. Сазонова, Н.С. Смирнова, В.С. Сергеева.